يتألف الهيكل التّنظيميّ للألكسو من العناصر الاتية:
يتمثل في المؤتمر العام (ينعقد مرة كل سنتين) والمجلس التنفيذي (يعقد ثلاثة اجتماعات عادية على الأقل خلال كل دورة مالية).
يضم المدير العام ( ينتخبه المؤتمر العام لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة ) والمدير العام المساعد.
ويشمل: مكتب المدير العام – أمانة المجلس التنفيذي والمؤتمر العام – إدارة التربية - إدارة الثقافة -إدارة العلوم والبحث العلمي – إدارة المعلومات والاتصال – إدارة الشؤون الإدارية والمالية.
معهد البحوث والدراسات العربية (القاهرة) معهد المخطوطات العربية (القاهرة) مكتب تنسيق التعريب (الرباط) معهد الخرطوم الدولي للغة العربية (الخرطوم) المركز العربي للتعريب والترجمة والتأليف والنشر (دمشق).
وترتبط الدول الأعضاء بالإدارة العامة للمنظمة عن طريق اللجان الوطنية للتربية والثقافة والعلوم بهذه الدول وبواسطة المندوبين الدائمين لدى المنظمة بتونس.