أمانة المجلس جهاز خاصّ للمجلس التنفيذي والجمعية العمومية/ المؤتمر العام يرأسه أمين يتولى شؤون أمانة المجلس والجمعية العمومية/ المؤتمر العام، وذلك وفق ما يقضي به النظام الداخلي لكل منهما.
المهام الأساسية
تحقيق الاتصال بين المدير العام ورئيس المجلس التنفيذي.
الإعداد لجميع اجتماعات المؤتمر العام والمجلس التنفيذي والأمناء العامين للجان الوطنية العربية.
الإشراف على الترتيبات التنظيمية لهذه الاجتماعات .
التنسيق مع الإدارات الفنية والدول الأعضاء بشأن إعداد الوثائق المتعلقة بالاجتماعات .
إعداد التقارير التي يطلبها المجلس التنفيذي.
تقديم المشورة لأعضاء المجلس التنفيذي والمندوبين الدائمين فيما يتصل بأعمال المجلس.
القيام بالأعمال التي يكلفها بها رئيس المجلس.
إعداد مشروع جدول أعمال المجلس أو المؤتمر بالتشاور مع رئيس المجلس والمدير العام وتبليغه مع الوثائق التفسيرية للدول الأعضاء.
تقوم أمانة المجلس بأمانة السرّ للجان المشكلة والمنبثقة عن المجلس وأمانة جميع اجتماعات المؤتمر بما في ذلك اللجان المنبثقة عنه.
الإشراف الكامل على توزيع الوثائق والتقارير خلال انعقاد المجلس أو المؤتمر.
الإشراف على تسجيل المداولات وما اتخذ من قرارات أثناء انعقاد المجلس أو المؤتمر.
توزيع القرارات التي يتخذها المجلس أو المؤتمر على الدول الأعضاء بعد اختتام الدورة.
متابعة القرارات والتوصيات الصادرة عن اجتماعات المؤتمر العام والمجلس التنفيذي وأمناء اللجان الوطنية، وتنفيذ أنشطة اللجان الوطنية.