La structure organisationnelle de l'ALECSO se compose des éléments suivants :

1- La structure législative :

Elle se compose de la Conférence générale (qui se réunit une fois tous les deux ans) et du Conseil exécutif (qui tient au moins trois réunions ordinaires au cours de chaque exercice financier).

2- La structure exécutive :

Elle comprend le Directeur général (élu par la Conférence générale pour un mandat de quatre ans renouvelable une seule fois) et le Directeur général adjoint.

3- La structure technique et administrative :

Elle comprend :

Le Bureau du Directeur général – le Secrétariat du Conseil exécutif et de la Conférence générale – le Département de l'éducation - le Département de la culture - le Département des sciences et de la recherche scientifique – le Département de l'information et de la communication – le Département des affaires administratives et financières.

4- Les organes externes :

1. Institut des recherches et études arabes (Le Caire)
2. Institut des manuscrits arabes (Le Caire)
3. Bureau de coordination de l'arabisation (Rabat)
4. Institut international de Khartoum pour la langue arabe (Khartoum)
5. Centre arabe d'arabisation, de traduction, de rédaction et de publication (Damas).

Les États membres sont reliés à l'administration générale de l'Organisation par l'intermédiaire des commissions nationales pour l'éducation, la culture et les sciences de ces États et par l'intermédiaire des délégués permanents auprès de l'Organisation à Tunis.