Dans le cadre de l'accomplissement de ses missions de soutien aux organes de l'Organisation et de renforcement de l'efficacité de sa performance institutionnelle, le secrétariat du Conseil exécutif et de la Conférence générale se concentre sur un ensemble de priorités stratégiques visant à développer les méthodes de travail et à améliorer la qualité de la performance organisationnelle et technique, à renforcer la présence et le rayonnement de l'Organisation aux niveaux arabe et international, et à faciliter l'accès de son produit cognitif au plus large éventail de bénéficiaires. Le secrétariat accorde également une importance particulière à l'ancrage des principes de gouvernance, de bonne gestion et de la culture de l'évaluation, au développement des partenariats stratégiques et des cadres de coopération internationale, ainsi qu'au renforcement de la préparation de l'Organisation et de sa capacité à répondre efficacement aux crises et aux situations d'urgence, ce qui soutient la durabilité de son action et renforce sa capacité à atteindre ses objectifs et à accomplir sa mission.
Les principales de ces priorités stratégiques sont les suivantes :